Diese zweite Staffel läßt sich in zwei Teile aufteilen: die "Ale und Anne Geschichten" und die "Chibiusa - Schwarzer Mond Geschichten".

Alles beginnt damit, daß zwei Außerirdische namens Ale und Anne auf den Planeten Erde kommen, da sie Energie für ihren Baum der dunklen Macht brauchen, und damit auch zum eigenen Überleben. Sie erschaffen aus Tarotkarten das "Monster des Tages", das dann von den Sailorkriegerinnen besiegt werden muß. Diese Staffel enthält nicht so viele "Füllfolgen", wie die erste. Gleich in der ersten Folge dieser Staffel erhält Bunny ihr Gedächtnis zurück, in der zweiten Folge die restlichen Sailorkriegerinnen. In der dritten Folge taucht ein neuer Beschützer auf; er nennt sich "Der Ritter des Mondlichts" und kleidet sich orientalisch. In Folge 59 erfährt man, wer er war: Er ist die Verkörperung der Bewustseinshälfte von Mamoru, die Tuxedo Mask darstellte. Da Mamoru jedoch sein Gedächtnis verloren hatte und Sailor Moon jemanden brauchte, der sie beschützt, entstand "Der Ritter des Mondlichts". In besagter Folge 59 verschmelzen beide Teile von Mamoru wieder miteinander und Mamoru kann sich wieder an seine Existenz als Tuxedo Mask erinnern.

Im zweiten Teil dieser Staffel taucht ein kleines Mädchen mit rosa Haaren auf, und gibt auch als Bunny aus. Anfangs ist sie Bunny gegenüber sehr aggressiv und fordert den Silberkristall. Wie sich später herausstellt, ist das kleine Mädchen, Chibiusa, die Tochter von Serenity und Endymion. Sie kam aus der Zukunft, aus Crystal-Tokyo. Chibiusa wird von Feinden gejagt, die ebenfalls aus der Zukunft kommen. Sie kommen vom Planeten Nemesis und tragen sein Zeichen auf der Stirn, einen schwarzen Mond. Sie wollen im Tokio der Gegenwart die Macht an sich reißen, womit sie diese automatisch auch in ihrer Zeit haben würden und somit über den ganzen Planeten.
Im Laufe dieser Staffel bessert sich das Verhältnis zwischen Chibiusa und Bunny in Richtung einer "normalen Familie", ... also keifen, keifen, keifen....
Diese Verbesserung scheint jedoch nur oberflächlich, da der sogrannte Erleuchtete in Chibiusa eine Verletzbarkeit findet, die sich auf Selbstzweifeln gründet. Aus dieser Verletzbarkeit entsteht Black Lady, die böse Chibiusa. Hierdurch nimmt eine fast vollendete Staffel noch ganz andere Züge an.
Letztendlich wird alles gut, alles Böse wird besiegt, und der damals in der Zukunft verschwundene Silberkristall taucht wieder auf; an gar wundersamer Stelle.